В период Революции почти все существовавшие к тому времени военные учебные заведения были закрыты, школы подготовки артиллерийских офицеров при артполках сведены в одну, размещенную в Шалон-сюр-Марн, некоторые бывшие подготовительные военные школы превратились в обычные платные пансионы для юношей. К началу эпохи Консульства Франция фактически не располагала военными учебными заведениями (Шалонская школа находилась в состоянии развала и запустения, а число ее воспитанников едва превосходило 40 человек).

    Декретом от 11 флореаля X года (1 мая 1802 г.) Первый консул образовал систему среднего и специального образования во Франции, которая сохраняет ряд черт, намеченных ее создателем, вплоть до сего времени. Статья № 6 этого декрета провозглашала создание Специальной военной школы - в будущем знаменитого Сен-Сира. Еще ранее для детей военнослужащих, «павших на поле чести», был создан так называемый «Пританей» - учебное заведение типа интерната, которое позже превратится в среднее военное училище в Ла Флеше (до 1808 г. Пританей размещался в Сен-Сире, а Специальная военная школа - в Фонтенбло).

    Военная школа, созданная Наполеоном, была поистине образцовым военным учебным заведением, рассчитанным сначала на 500, а потом на 1000 курсантов. Сюда принимали выпускников лицеев и частных пансионов. Для тех, кто блестяще окончил среднее учебное заведение, обучение в Военной школе было бесплатным, для остальных - весьма дорогим удовольствием - 1200 франков в год. Если в королевской военной школе, где в свое время учился сам будущий Император, как он вспоминал, «воспитанников кормили и обслуживали с великолепием, во всем обходясь с нами, как если бы мы были офицерами, имевшими большой доход...», то в Сен-Сире курсантов не баловали. С момента поступления в школу для курсантов начиналась настоящая военная жизнь, ибо Наполеон хотел, «чтобы молодые офицеры, которые должны будут командовать солдатами, начали с того, что сами стали бы подлинными солдатами». Строгая дисциплина, точное соблюдение уставов, придирчивые проверки амуниции и вооружения, напряженные военные занятия - вот повседневная жизнь будущих офицеров Великой Армии. Жиро де л'Эн, бывший курсант Сен-Сира, вспоминал: «Мы были подчинены тем же правилам, что и солдаты в казарме. Ели из общего котла такой же суп, как они. Единственным отличием было то, что мы получали его уже готовым на кухне, откуда мы приносили также хлеб в мешках, вино в канистрах, мясо и овощи в отдельных котелках» . Не всем подобный распорядок нравился. Будущий генерал Рикар, тогда один из курсантов, вспоминал, что необходимость есть из одного котла со своими товарищами вызывала у него «непобедимое отвращение».

    В школе обучали не только военным дисциплинам. От курсанта требовался необычайно высокий уровень общего образования и особенно знание математики и физики, так как многие выпускники зачислялись не только в пехоту, но и в артиллерию и инженерные войска.

    Следовательно, в среднем по 11-12 часов занятий в день (в воскресенье, разумеется, не учились), не считая общих построений, поверок, инспекций и т. д.

    Не сразу все наладилось в Сен-Сире, и еще в 1803 г. отмечались низкий образовательный уровень абитуриентов и недостатки в организации занятий. Однако постепенно удалось хорошо организовать учебный процесс, и в первые дни 1804 г. начальник школы генерал Беллавен писал Первому консулу, что «школа прочно сидит в седле». Действительно, с этого времени школа уверенно крепла как в количественном, так и в качественном отношении. Не последнюю роль сыграл в этом уже упомянутый нами генерал Беллавен. Строгий и пунктуальный, придирчивый к малейшим неточностям в соблюдении правильности ношения униформы и чистоты оружия, Беллавен был в то же время по-отечески добр со своими подопечными, и все они сохранили о своем наставнике добрую память. Вступив в 1791 г. в возрасте 20 лет в Королевский кавалерийский полк, Беллавен, благодаря своей отчаянной  храбрости и таланту, за пять лет дослужился до генерала, но 5 июля 1796 г. в битве при Раштадте вражеское ядро оторвало ему ногу. Бонапарт нашел дело по душе рано вышедшему из активной военной жизни генералу, и Беллавен полностью оправдал его доверие, заслужив признательность Первого консула и Императора.

    Наполеон с пристальным вниманием следил за постановкой дела в Сен-Сире и не всегда был доволен тем, что там происходит. В частности Император постоянно стремился к тому, чтобы не дать военной школе свернуть на путь слишком теоретического, оторванного от реалий обучения, к чему, естественно, тяготеет всякое образовательное учреждение, предоставленное само себе. В марте 1809 г. он в очередной раз неожиданно посетил училище и разразился длинным раздраженным посланием военному министру, в котором лучше всего видна его концепция подготовки офицерских кадров:
«В Сен-Сире всего не хватает. Артиллерийским делом не занимаются. У пушек нет отвозов, нет мишеней. Воспитанники не знают номенклатуру артиллерийских орудий... Можно всему обучить этих молодых людей, пока они в школе, когда они выйдут оттуда, они будут узнавать лишь то, что лежит непосредственно в плоскости их каждодневных занятий. А было бы хорошо для старших офицеров ар тиллерии, чтобы в армии у них под рукой были пехотные командиры, которые при необходимости смогут изготовлять артиллерийские заряды, умеют работать топором и лопатой (имеются в виду инженерные работы) и которые могут участвовать в работе по ремонту пушек, умеют изготавливать картузы, пальники и отливать пули... Я хочу, чтобы готовили не кабинетных ученых, а молодых офицеров, которые сразу по приходу в полк будут знать все, что знают старые офицеры. Пусть г-н министр займется внимательно всеми этими деталями. Скоро я снова навещу Сен-Сир и, ей-богу, буду весьма рассержен, если не увижу изменений...»